Marathokefala is gelegen nabij Kolymbari in Chania in het noordwesten van Kreta. Het ligt op een hoogte van 120m en er wonen ongeveer 64 mensen in het dorp.
Marathokefalas ligt op een heuvelrug uitkijkend over de baai van Kolimbari. Het dorp is bekend om zijn historische grot van St John de kluizenaar, die bij Marathokefala ligt, een klein beetje hoger dan de bedding van de Avlaki kloof.De beroemde grot is rijk gedecoreerd met vele stalagmieten en stalactieten. Dit is waar St John de kluizenaar de stichter van het Catholicon klosster 3 jaar woonde. Hij leefde een streng leven in naaktheid voor lange tijd op dit deel van het eiland.
De dichtstbij gelegen stad is Kolimbari op een paar minute rijden endit biedt alles wat men nodig heft, zoals winkels, supermarket, goede tavernes, dokter, apotheek, benzinestation enz. Een kiezel strand en heldere zee wachten op u.
De waterkant en de steiger van de nieuwe haven, die de oude haven met de vissersboten omsluit, is ideaal voor een wandeling in de middag of een goede maaltijd in een van de tavernes die uitkijken over de blauwe zee, de heuvels en de bergen op de achtergrond. Iedere vrijdag is er een Laiki, een open groente en fruit markt waar verse plaatselijk gegroeide producten te koop zijn.
Er is een makkelijke toegang tot de snelweg(1 km) naar Chania en de luchthaven. Het is ongeveer een half uur rijden naar de Venetiaanse stad (25km) en 50 minuten naar de luchthaven.
